Magento oficjalnie rozpoczęło rozwój na początku 2007 roku. Siedem miesięcy później, 31 sierpnia 2007, została wydana pierwsza publiczna wersja beta. Varien, firma będąca właścicielem Magento, wcześniej współpracowała z osCommerce. Varien pierwotnie planował rozwidlenie osCommerce, ale później zdecydował się przepisać go na Magento. W pierwszych latach swojego istnienia platforma była kilkakrotnie laureatem „Best of Open Source Software Awards” i „SourceForge Community Choice Awards”. W lutym 2011 r. EBay ogłosił, że w 2010 r. dokonał inwestycji w Magento, wartej 49% udziałów w firmie. 6 czerwca 2011 r. EBay ogłosił, że przejmie resztę Magento, które dołączy do nowej inicjatywy X.Commerce.